В отделението се осъществява лечение на инфекции на дихателната система, стомашно-чревния тракт, кожата и меките тъкани, нервната система; лечение на вирусни хепатити без хепатална кома; лечение на вирусни екзантеми и локализирани вирусни инфекции на кожата без вариола; лечение на инфекции, свързани с лимфните възли; лечение на зоонози (туларемия, бруцелоза), рикетсиози (марсилска треска, Ку-треска), борелиози (лаймска борелиоза); лечение на вирусни хеморагични трески.
В отделението се работи в условията на спешност. Не се допуска планов прием на пациенти. Всички болни с инфекциозни заболявания се хоспитализират по спешност.
При необходимост се осъществява спешна изолация на болни с инфекциозни заболявания, възникнали като спорадични случаи или при епидемични взривове.
Предприема се изолация на болни с инфекциозни заболявания, извършват диагностично уточняване и провеждат специфично лечение на същите.
Когато съществува заплаха за здравето на гражданите, след разпореждане на министъра на здравеопазването се извършва задължителна изолация на заразоносители и болни.
Дейността е непрекъсната и 24 часа в денонощието.